Alternatif kompleman yolu, patojenin yüzeyinde doğrudan bulunan C3 hidrolizis ile tetiklenir. Bu, diğer yollardaki patojen-bağlayıcı protein gibi güven vermez. Alternatif kompleman yolunda, C3 proteini karaciğer tarafından üretilir ve kandaki enzimlerle C3a ve C3b'ye ayrılır. Eğer kanda hiç patojen yoksa, C3a ve C3b proteini parçaları etkinliklerini yitirir. Bununla beraber, eğer bir patojenin yakınlarındaysa, C3b'nin bazı parçaları patojenin plazma mambranına bağlanır. Bundan sonra kompleman faktör B bağlanacaktır. Bu kompleks faktör D ile Ba'ya ve alternatif yolla C3-konvertaz ile Bb'ye ayrılacaktır. Bundan sonra patojenin yüzeyini "kancalamış" C3bBb kompleksi bir elektrikli testere gibi rol alıp, patojendeki kancalı C3bBb sayısını olumlu etkileyecek olan kandaki C3'ün C3a ve C3b'ye hidrolizini katalizler. C3'ün hidrolizinden sonra, C3b kompleksi, C5'i C5a ve C5b'ye ayrılacak olan C3bBbC3b'ye karmaşıklaşır (dönüşür). C5a ve C3a'nın mast hücresi degranülasyonunu tetiklediği bilinir. C5b ile C6, C7, C8, ve C9 (C5b6789) kompleksi ayrıca MAC olarak bilinen hücre zarı arasında bulunan yüzey saldırı kompleksini şekillendirmek üzere karmaşıklaşır ve hücre lizisini başlatır.
