Hermann Emil Fischer (d. 9 Ekim 1852, Euskirchen - ö. 15 Temmuz 1919, Berlin), Alman kimyager.
Önce Münih'te Baeyer'in asistanı oldu (1875), sonra sırasıyla, Erlangen (1882), Würzburg (1885) ve Berlin üniversitelerinde kimya profesörlüğüne tayin edildi (1892). Fischer, karbonhidratlar ve fermentler üzerinde araştırmalar yaptı. Fermentler ile şekerleri birlikte inceleyerek birincilerin spesifik etkilerini ortaya koymak suretiyle kimya ile biyoloji arasında bir ilişki kurdu ve bu incelemeleri stereokimya araştırmalarına bağladı. 1887'de elementlerinden başlayarak sentez yoluyla früktoz, glikoz ve bazı yeni şekerler elde etti. Aminoasitlerle peptonlara benzer bileşikler meydana getirdi. Ayrıca kafeini ve teobromini inceledi. Birçok anilin boyasının kimyasal yapısını açıkladı. 1902 yılında Nobel Kimya Ödülü'nü kazandı.
